I lavori inseriti nel Psn sono classificati in cinque differenti tipologie: Statistiche da indagine (Sdi), Statistiche da fonti amministrative organizzate (Sda); Statistiche derivate o rielaborazioni (Sde); Sistema informativo statistico (Sis) e Studio Progettuale (Stu).
Le linee di indirizzo del Psn sono definite dal Comitato di indirizzo e coordinamento dell'informazione statistica (Comstat) all'inizio di ogni triennio; la sua predisposizione è affidata all'Istat che si avvale per tale attività dei Circoli di qualità e della Commissione degli utenti dell'informazione statistica (Cuis).
La procedura di formalizzazione del Psn presenta un iter che in parte è sviluppato nell'ambito dell'Istat, in parte coinvolge soggetti esterni all'Istituto.
Il Programma, dopo essere stato deliberato dal Comstat, è sottoposto ai pareri della Commissione per la garanzia della qualità dell'informazione statistica e della Conferenza unificata Stato-Regioni-Autonomie locali (di cui agli artt. 8-9 del d.lgs. 28 agosto 1997, n.281), sentito il Garante per la protezione dei dati personali, ed è approvato con decreto del Presidente della Repubblica, previa deliberazione del Cipe.
Nel Programma statistico nazionale sono riportate alcune indicazioni sul trattamento dei dati personali, sensibili e/o giudiziari (d.lgs. n.196 del 2003 e successive modificazioni, cfr. paragrafo 12 del Codice della Statistica Ufficiale). La pubblicazione in Gazzetta Ufficiale del Programma assolve alla funzione di informativa per i soggetti interessati, in conformità con quanto previsto dall'art. 6, comma 2, del Codice di deontologia e di buona condotta per i trattamenti di dati personali a scopi statistici e di ricerca scientifica effettuati nell'ambito del Sistema statistico nazionale. Per i dati sensibili e/o giudiziari, l'inserimento dei lavori nel Psn assolve anche alla funzione di autorizzazione al trattamento.
La programmazione è a triennio fisso. Per ogni ciclo è prevista una programmazione triennale e due aggiornamenti, il primo dei quali relativo agli ultimi due anni del triennio, il secondo all'ultimo anno. Gli aggiornamenti annuali sono predisposti e approvati con la medesima procedura del triennio.